Если проект маленький, и изначально все приложения создаются только под него — то папку templates можно создать в корневом каталоге проекта. Так проще видеть все шаблоны и менять их в случае необходимости.
При этом для внутри templates лучше создать отдельные папки с названиями приложений, а уже в них помещать непосредственно шаблоны, чтобы избежать путаницы.
Если вы делаете переносимое приложение, что каталог templates с шаблонами для него лучше создавать внутри каталога приложения.
Русский