Пытаясь переместить файлы и каталоги из одной директории в другую, вы можете столкнуться с ошибкой: mv: cannot move: Directory not empty. mv -f в данном случае не поможет. Как это решить?
Можно перемещать целиком каталоги. Например вместо
mv ./directory1/* ./directory2/
Можно выполнить
mv ./directory2 ./directory2-old mv ./directory1 ./directory2
Если задача в том, чтобы обновить вложенную структуру, можно использовать rsync:
rsync -avh ./directory1/ ./directory2/
Эта команда rsync перепишет все совпадающие файлы в каталоге directory2, включая подкаталоги